Parallèlement à ses études musicales en conservatoires (piano, clavecin, analyse, harmonie et contrepoint) et à l’université de la Sorbonne, Fannie Vernaz se consacre à la transcription de la musique ancienne pour les ensembles professionnels spécialisés tels que Les Arts Florissants dirigés par William Christie, René Jacobs, le Concert Spirituel dirigé par Hervé Niquet. En 1989 elle complète ses études musicales par l’apprentissage de la gravure par informatique. En 1990 elle créé les Éditions des Abbesses afin de revaloriser le répertoire de la musique ancienne des XVIIe et XVIIIe siècles.

En 1991 elle est nommée responsable éditoriale au Centre de Musique Baroque de Versailles et contribue à la création du département édition de cette institution. En 1993, elle rejoint l’équipe administrative des Arts Florissants, comme conseillère musicale, responsable de la bibliothèque. Depuis 1990, elle poursuit le développement des Éditions des Abbesses en enrichissant le catalogue d'œuvres de Charpentier, Lorenzani, Campra, Bouteiller, Couperin, Leo... et en élargissant l’activité aux recherches, au conseil musical, à la transcription et au suivi éditorial pour les musiciens, les ensembles de musique baroque et les éditeurs.